Дело происходит в 2027 году, один год спустя после завершения «четвёртой не ядерной войны». Ньюпорт-Сити всё ещё не оправился окончательно от последствий боевых действий, но город уже вновь начинают сотрясать взрывы самоходных бомб. Примерно в то же время оказывается застрелен военный офицер, вовлеченный в незаконную торговлю оружием. В ходе расследования всего этого Дайске Арамаки из Отдела общественной безопасности встречает киборга и хакера экстра-класса Мотоко Кусанаги, приписанную к военному 501-ому секретному подразделению. Бато, сотрудник Арамаки и человек с «глазами, которые никогда не спят», подозревает, что именно Кусанаги ответственна за теракты. Тем временем Тогуса, детектив из префектуры Ниихама, одновременно расследует два убийства. За Мотоко же пристально наблюдают агенты-киборги, а так же Куруцу - глава 501-ого подразделения.