После катастрофы "Скайфолл", вызванной падением орбитальной космической колонии, на Земле появляются мутировавшие гигантские существа — каидзю. Главный герой, аватар по имени Рэй, прибывает в зону катастрофы, чтобы собрать рассеянные "семена". Здесь он встречает Мил, загадочную девушку, чье происхождение вызывает вопросы: человек ли она или одно из этих существ?