Прибыв на Землю спустя 20 000 лет, Харуо [ハルオ・サカキ] вместе с остатками человечества обнаруживают, что планета стала совершенно другой. Флора и фауна здесь олицетворяют Годзиллу [ゴジラ / 呉爾羅], а сама Земля спустя тысячелетия превратилась в планету-монстра, управляемую гигантской Годзиллой высотой 300 метров. Человечество оказывается на грани исчезновения и вынуждено бороться за своё выживание. Жаждущий победить Годзиллу и вернуть планету человечеству, Харуо встречает на Земле потомков коренных народов, племя Хутуа. Сёстры-близнецы Хутуа, Маина [マイナ] и Миана [ミアナ], ведут его к останкам Меха-[[Годзиллы]], древнего оружия против Годзиллы, которое всё ещё живо и приняло форму самогенерирующегося нанометалла. Теперь Харуо предстоит обнаружить целый Город Меха-[[Годзиллы]], порождённый нанометаллом за многие годы, способный уничтожить монстра и помочь отстоять право человечества на жизнь на Земле.